Je nach Größe der Arztpraxis müssen die Inhaber alle fünf bis 15 Jahre mit einer Betriebsprüfung rechnen. Der zeitliche Abstand hängt häufig mit besonderen Umständen wie der Praxisveräußerung, dem Eintritt eines neuen Gesellschafters oder auffälligen Gewinnschwankungen zusammen. Aber auch ohne Vorliegen außergewöhnlicher Umstände stehen Arztpraxen zunehmend im Fokus der Finanzverwaltung. Häufige Anhaltspunkte für den Betriebsprüfer sind folgende Sachverhalte:

Kauf

• Bei einem Praxiskauf werden Finanzierungskredite überprüft. Stimmt der Kaufpreis nicht mit der Darlehenssumme überein, wird davon ausgegangen, dass ein Anteil auf den privaten Bereich entfällt. Folge davon ist die anteilige Versagung des Zinsabzugs.
• Die Abschreibung des erworbenen Praxiswerts gibt häufig Anlass zu Diskussionen. Als Richtwert wurden von der Rechtsprechung für eine Einzelpraxis drei bis fünf Jahre, für eine Gemeinschaftspraxis sechs bis zehn Jahre vorgegeben. Geht der Betriebsprüfer beispielsweise von einer vier- statt einer dreijährigen Nutzungsdauer aus, müssen überzeugende Gegenargumente für einen kürzeren Abschreibungszeitraum vorliegen.

Privatnutzung

• Die betriebliche Nutzung des Pkw kann nur durch ein einwandfrei geführtes Fahrtenbuch glaubhaft gemacht werden. Wird das Fahrtenbuch durch den Betriebsprüfer verworfen, muss der Privatanteil nach der 1 %-Methode versteuert werden. Dies führt dann zu einer Steuernachzahlung, wenn betriebliche Fahrten häufiger vorgenommen wurden, als diese durch den pauschalen Ansatz mit der 1 %-Methode berücksichtigt werden.
• Bewirtungskosten werden vom Betriebsprüfer ebenfalls nur anerkannt, wenn genaue Nachweise erbracht werden. Für den Abzug der Bewirtungskosten ist ein ordnungsgemäß ausgefüllter Bewirtungsbeleg mit Aufzählung aller bewirteten Personen erforderlich.
• Bei Ansatz von Reisekosten für den Besuch von Fortbildungen oder Ahnlichem muss glaubhaft gemacht werden, dass die Fortbildung tatsächlich besucht wurde und den besonderen beruflichen Anforderungen entspricht.

Anstellungsverhältnis

• Sind Ehepartner in der Praxis angestellt, muss ersichtlich werden, dass diese tatsächlich als Arbeitnehmer eingesetzt werden. Dies ist durch regelmäßige Nachweise über die verrichtete Tätigkeit, das Führen eines Aufgaben- und Termin-Kalenders usw. möglich.

Umsatzsteuerpflicht

• Zwar sind ärztliche Leistungen grundsätzlich von der Umsatzsteuer befreit, dies gilt jedoch nicht für Leistungen ohne therapeutisches Ziel wie etwa die ein- oder andere iGeL- oder ästhetische Leistung. Beträgt der Anteil der umsatzsteuerpflichtigen Gesamtumsätze mehr als 17.500 Euro muss Umsatzsteuer ausgewiesen und abgeführt werden. Es sollte deswegen laufend überprüft werden, wie hoch die umsatzsteuerpflichtigen Leistungen sind, um ggf. bereits vorab gegensteuern zu können und eine Umsatzsteuerpflicht zu vermeiden.

Gewerbesteuerpflicht

• Bei Anstellung eines fachfremden Arztes muss gewährleistet werden, dass der Inhaber fachlich dazu qualifiziert ist, diesen Arbeitnehmer zu beaufsichtigen. Falls dies aufgrund fehlender Fachkenntnisse nicht möglich ist, unterliegen die Praxiseinkünfte der Gewerbesteuer. Für weitere Informationen verweisen wir auf den unseren Artikel „Gewerbesteuer – eine zusätzliche Belastung für die Arztpraxis?“
• Wird bei einer Praxis mit mehreren Standorten ein angestellter Arzt eingesetzt, muss sichergestellt sein, dass dort auch der Inhaber tätig wird und in der Lage ist, den angestellten Arzt zu überwachen. Für die Betriebsprüfung werden hierzu aussagekräftige Nachweise, wie z. B. Sichtvermerke des Inhabers gefordert.
• Gewerbliche Einkünfte von Gemeinschaftspraxen sind nur dann unschädlich, wenn sie weniger als 1,25 % der Gesamtumsätze und weniger als 24.500 Euro betragen. Darüber hinausgehende Einkünfte führen zu einer Gewerbesteuerpflicht sämtlicher Einkünfte der Gemeinschaftspraxis.

Falls eine Betriebsprüfung auf Sie zukommen sollte, stehen wir Ihnen gerne zur Seite. Wir stellen den Betriebsprüfern Räumlichkeiten zur Verfügung und übernehmen die steuerliche Klärung aufkommender Fragen. Die Betriebsprüfung verläuft also ohne Einschränkung Ihres Arbeitsalltags in der Praxis.